Костомукшский городской музей основан в 1980 году. 14 мая 1981 года здесь открылась первая выставка, посвященная истории создания музея, становлению города и развитию горно-обогатительного комбината.
Инициаторами создания музея выступили художник-оформитель Василий Твердохлеб и заслуженный работник культуры Яакко Ругоев. Идея изначально заключалась в создании «уголка трудовой славы», который бы сохранял память о строительстве Костомукши и комбината. Поддержка руководства комбината и энтузиазм горожан позволили быстро превратить эту инициативу в полноценный музейный проект.
За прошедшие годы музей прошел путь от филиала Национального музея Республики Карелия до самостоятельного городского учреждения. В 1990-х годах он переехал в новое, более просторное помещение. С 2002 года музей входит в состав «Культурно-музейного центра», а с 2017 года — в МБУ «Муниципальный архив и Центральная библиотека».
Сегодня Костомукшский городской музей продолжает работу по сохранению и популяризации истории города и региона, трудовых достижений жителей и уникальной культурной среды.